Einar M. Sitompul lahir dan dibesarkan di Pekanbaru (Riau). Anak sulung dari sembilan bersaudara dari keluarga M. Sitompul, BA dengan Tianun Nainggolan. Ayahnya adalah seorang pensiunan pegawai negeri dan aktif sebagai seorang penetua di gereja. 

Setelah tamat dari SMA melanjutkan pendidikan di Fakultas Theologia Universitas HKBP Nommensen (kemudian menjadi Sekolah Tinggi Theologia HKBP — STT-HKBP) di Pematang Siantar (Sumatera Utara) dan memperoleh gelar sarjana theologia tahun 1977. 

Ditahbiskan menjadi pendeta pada tahun 1979, kemudian melayani jemaat Gereja Kristen Batak (HKBP) di Bandung sampai tahun 1985. Pada tahun itu juga mendapat tugas belajar dari Pucuk Pimpinan HKBP pada South East Asia Graduate School of Theology (SEAGST)/STT Jakarta dalam bidang Studi Agama-agama (Scientific Study of Religions) dan meraih gelar Master of Theology (MTh) tahun 1988. 

Sekarang melayani di Kantor Pusat HKBP di Tarutung (Sumatera Utara) sebagai sekretaris pembinaan HKBP. Menikah dengan Jenny Sitompul Pardede dan dikaruniai tiga orang anak, Martin, Novita dan Hanny Sitompul.