Yang dimaksud science di sini adalah ilmu pengetahuan dalam pengertian yang luas, bukan dalam batasan satu nilai atau disiplin tertentu. Secara kontinyu ilmu pengetahuan berkembang dengan pesat dan sangat dipengaruhi oleh aspek kehidupan yang luas, mulai dari ekonorni, sosial, budaya dan juga apresiasi intelektual masyarakat. Akan tetapi di balik itu, proses perkembangan tersebut sangat bergantung pada lembaga pendidikan.

Pesantren sebagai lembaga pendidikan dengan totalitas kepribadiannya yang khas, selalu memberikan kebebasan untuk menentukan pola dinamis kebijaksanaan pendidikannya. Sehingga setiap tawaran pengembangan, baik benupa transfer dari luar (non-pesantren) mau pun atas prakarsa sendiri, tentunya akan melalui sektor pertimbangan dari dalam pesantren sendiri yaitu pertimbangan tata nilai yang telah ada dan berlaku di pesantren selama ini.

Istilah "pesantren" mulai dikenal sejak pertama kali lembaga itu didirikan. Untuk mengetahui sejarah pesantren, ada beberapa pendapat yang umum berlaku. Di antaranya disebutkan, pertama kali pesantren didirikan oleh Sunan Malik Ibrahim di Gresik pada awal abad ke-17 (tahun 1619 M).

Dalam perjalanannya, pesantren begitu mengakar di tengah-tengah masyarakat dengan prestasi yang sangat kentara, yaitu munculnya para alurnni pesantren yang mendapat legitimasi dari masyarakat sebagai ulama atau kiai yang tangguh dan mampu mengembangkan dirinya di bidang keilmuan agama Islam, dibarengi dengan kepekaan yang tinggi terhadap masalah-masalah sosial dan lingkungan. Hal ini berangkat dari titik tekan pesantren sebagai lembaga tafaqquh fiddin yang senantiasa dipertahankan dan kemauan membuka diri dari segala perubahan dan perkembangan zaman.

Akan tetapi, satu dan lain hal yang perlu dimengerti adalah keteguhan sikap para pendiri pesantren yang tidak mau bekerja sama dengan pemerintah kolonial Belanda pada waktu dulu, sehingga segala bentuk kegiatan pendidikan pesantren tidak diproyeksikan untuk memproduksi tenaga kerja. Maka, ijasah-ijasah formal pun pada awalnya sama sekali tidak dikenal oleh kalangan pesantren. Pesantren hanya terfokus pada pandangan dasar thalab al-'ilmi li wajhi Allah. Prinsip demikian ini masih dapat ditemui di beberapa pesantren sampai sekarang.

Sistem pendidikan pesantren yang ditempuh selama ini memang menunjukkan sifat dan bentuk yang lain dari pola pendidikan nasional. Akan tetapi hal ini tidaklah bisa diartikan sebagai sikap isolatif, apalagi eksklusif pesantren terhadap komunitas yang lebih luas. Pesantren pada dasarnya memiliki sikap integratif yang partisipatif terhadap pendidikan nasional.

Pendidikan nasional yang tertuang dalam GBHN bertujuan meningkatkan ketakwaan terhadap Tuhan YME, kecerdasan, keterampilan, budi pekerti luhur dan akhlak yang mulia. Dari sinilah, rneskipun pola penyelenggaraan pendidikan pesantren berbeda dengan pendidikan nasional, akan tetapi ia tetap merupakan suatu lembaga pendidikan yang mendukung dan menyokong tercapainya tujuan pendidikan nasional. Secara institusional dan melalui pranata yang khas, pesantren merangkum upaya pengembangan ilmu pengetahuan yang sesuai dengan dasar pendidikannya.

Pola dasar pendidikan pesantren terletak pada relevansinya dengan segala aspek kehidupan. Dalam hal ini, pola dasar tersebut merupakan cerminan untuk mencetak santrinya menjadi insan yang shalih dan akram. Shalih, berarti manusia yang secara potensial mampu berperan aktif, berguna dan terampil dalam kaitannya dengan kehidupan sesama makhluk. Filosofi "shalih" diambil dari surat Al-Anbiya' 105:

“Sesungguhnya bumi ini diwariskan kepada orang-orang yang shalih”.

Sehingga untuk melestarikan bumi seisinya beserta seluruh tatanan kehidupannya, pesantren coba membekali santrinya dengan ilmu pengetahuan yang punya implikasi sosial menyeluruh dan mendasar. Seperti: ilmu pertanian, ilmu politik, teknologi, perindustrian, ilmu kebudayaan dan lain sebagainya. Menurut kalangan pesantren, pengkajian ilmu-ilmu semacam itu bersifat kolegial (fardlu kifayah).

Sementara "akram" merupakan pencapaian kelebihan dalam kaitan manusia sebagai makhluk terhadap khaliqnya, untuk mencapai kebahagian di akhirat, seperti firman Allah dalam Al-Qur'an:

“Sesungguhnya yang paling mulia di antara kamu seklian di sisi Allah adalah orang yang paling bertakwa.”

Dalam kaitan ini, pesantren secara institusional telah menekankan pendalaman terhadap ilmu pengetahuan keagamaan (tafaqquh fiddin).

Berangkat dari sikap pendirinya pada sebelum masa kemerdekaan yang sama sekali tidak mau bekerja sama dengan pemerintah kolonial Belanda, maka pesantren praktis menolak campur tangan pemerintah. Akibatnya kesan tertutup dan eksklusif begitu lekat di tubuh pesantren. Akan tetapi setelah masa kemerdekaan, pesantren mulai membuka diri seluas-luasnya kepada ‘dunia luar’ dengan digalangnya banyak kerjasama antara pesantren dan pemerintah atau dengan lembaga-lembaga lain, seperti LSM-LSM di negeri ini.

Macam dan bentuk pesantren yang amat banyak, sebanyak kiai yang mempunyai otoritas tertinggi atas pesantren, adalah hal yang selama ini menjadi sorotan para ahli dan pengamat masalah pesantren. Namun justru dari keberagaman bentuk pesantren inilah, akan dapat dicapai insan kamil. Adalah mustahil, bila kesempurnaan tersebut dicapai dengan bentuk pendidikan yang hanya satu macam.

Pesantren dengan tujuan utamanya mencetak insan yang shalih dan akram, merupakan lembaga pendidikan yang mempunyai implikasi dunia dan akhirat. Tidak hanya shalih saja, akan tetapi juga akram. Keduanya haruslah tidak terpisahkan, sehingga di samping mendalami ilmu-ilmu keagamaan, pesantren juga harus rnulai mendalami ilmu pengetahuan umum. Apalagi pesantren telah melebarkan sayap dengan membentuk lembaga madrasah sebagai lembaga pendidikan klasikal dan perguruan tinggi yang kian hari semakin ditingkatkan mutu manajerialnya dan proses belajar mengajarnya.

Pesantren yang lahir dan berbasis di pedesaan, di dalamnya terbentuk suatu miniatur kehidupan masyarakat luas. Ia adalah sebuah lembaga yang memiliki kemnungkinan dan kesempatan besar membentuk kader berwawasan sosial dan peka terhadap lingkungannya, di samping memupuk ketakwaan terhadap Allah SWT.

Prospek pengembangan ilmu pengetahuan merupakan tanggung jawab semua kalangan lembaga pendidikan, tanpa memandang pada dasar pendidikan yang dianut. Hanya saja, skala prioritas penekanan terhadap ilmu pengetahuan yang dikembangkan, berlainan antara satu lembaga pendidikan dengan yang lain. Sementara pesantren lebih menekankan pada pengetahuan yang sesuai dengan dasar pendidikannya, sesuai dengan nafas dan tuntutan Islam.

Untuk lebih mendukung adanya pengembangan ilmu pengetahuan secara pesat, pesantren masih saja memperhatikan sistem pendidikannya sendiri. Dalam hal ini, transfer ilmu pengetahuan dan teknologi akan terus dilaksanakan, sejauh tetap menyelamatkan nilai-niilai dan identitas pesantren, sehingga tidak hanyut oleh perubahan-penubahan. Dalam kaitan ini, pesantren memiliki prinsip:

“Memelihara sistematika dan metodologi lama yang masih relevan dan mengambil serta mengembangkan cara baru yang lebih baik".

Dengan demikian pesantren tidak akan pernah terkesan sebagai lembaga pendidikan konvensional yang menutup diri dan mengisolasi dari perkembangan kehidupan.